Futakoi, baseado em mais um jogo de relacionamento, muito comum no Japão, conta a história de Nozomu Futami, um jovem garoto, que após anos longe de sua cidade natal, volta à ela, para continuar seus estudos. Para se sustentar, ele trabalhará meio-período em um santuário local, morando com a família que cuida do santuário. Logo ao chegar, ele nota algo interessante, e um tanto estranho: na cidade há muitas garotas gêmeas na cidade, incluindo suas duas amigas de infância, Sumireko e Kaoruko...Além delas, ele conhece e se envolve com duas outras gêmeas, Kira e Yura, muito ricas, e que estão conhecendo o mundo fora de sua mansão somente agora. Há também muitas outras gêmeas que ele passa a conhecer durante os meses em que passa na cidade. Ele descobre que há uma lenda na cidade, explicando a razão de haver tantas gêmeas na cidade. Se a lenda é verdade ou não, e se ela vai afeta-lo no seu relacionamento com todas as gêmeas que ele conhece, você terá que descobrir assistindo o anime. O anime é divertido, com uma história simples, mas agradável. As confusões românticas por qual ele passa são o ponto alto da série.